Covid-19 : l'épidémie continue de progresser dans le Rhône

Dans le Rhône, pas vraiment d’amélioration. La circulation du virus et de ses variants reste forte. La semaine passée, le taux d’incidence (nombre de cas pour 100 000 habitants) connaissait une évolution stable. Il est reparti à la hausse (+18% sur une semaine au 12 mars). Dans la Métropole de Lyon, il affichait près de 290 cas pour 100 00 habitants, un niveau plus atteint depuis la mi-novembre 2020, en plein deuxième confinement.

Difficile toutefois de dire si elle progresse dans un contexte de hausse assez soutenue du dépistage (+22% en une mois). Dans le même temps le taux de positivité (proportion de tests positifs dans l’ensemble du dépistage) est resté relativement stable (+0,8 point).

Dans le Rhône, le variant anglais progresse encore

La semaine passée, selon les chiffres de Santé Publique France, le variant anglais représentait au moins 65% des tests positifs analysés dans le Rhône. Au 13 mars, il représentait près de 75% des tests positifs. La souche « classique » ne représentait à cette date que 11% des cas positifs.

Le variant anglais est désormais majoritaire dans l’ensemble des départements d’Auvergne-Rhône-Alpes. La semaine passée, seule la Haute-Loire comptait encore une majorité de cas positifs à la souche classique. Une semaine plus tard ce n’est donc plus le cas.

Patients Covid-19 : hospitalisations toujours en légère hausse dans le Rhône

Le Rhône connait une évolution des indicateurs hospitaliers quelque peu différente du reste de la région Auvergne-Rhône-Alpes. Depuis le 25 février, le nombre de patients Covid-19 hospitalisés dans le Rhône en moyenne sur une semaine est en hausse constante.

Selon les données de Santé Publique France, ils étaient 790 au 25 février contre 876 au 15 mars (en moyenne sur une semaine). Soit une augmentation de 11% environ en une vingtaine de jour. Dans l’ensemble de la région, les hospitalisations en simultané de patients Covid-19 diminuent sans arrêt depuis début janvier. Sur la même période, elles ont ont diminué de 8% environ.

Depuis la semaine dernière, les patients Covid-19 hospitalisés en réanimation ou soins intensifs est restée stable dans le Rhône. Dans la région Auvergne-Rhône-Alpes, le taux de tension sur les services de réanimation avoisinait les 80% au 16 mars. Cela signifie que 80% de la capacité initiale des lits de réanimation de la région étaient occupés par des patients Covid-19. Ce nombre de lits étant ajusté au fil du temps, la capacité a été augmentée. A cette date, dans les établissements des HCL à Lyon et dans le Rhône par exemple, les patients Covid-19 occupaient environ 45% des lits de réanimation actuellement ouverts (dont la capacité est 30% supérieure par rapport à la normale).

Si la circulation épidémique progresse, logiquement elle devrait se traduire par une tension encore forte dans les jours à venir dans les hôpitaux du Rhône.

Pas de progression de l’épidémie en Auvergne-Rhône-Alpes

À l’échelle de la région, la lecture des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 est plus rassurante que dans le Rhône. Comme lors de notre précédent point hebdomadaire, l’évolution semble toujours stable dans la région. Malgré la présence majoritaire du variant anglais.

Le taux d’incidence sur une semaine glissante est bien en hausse depuis une semaine (208 cas au 12 mars contre 180 cas pour 100 000 habitants au 6 mars, soit +15%). Toutefois, cette hausse s’inscrit dans un contexte de forte hausse du dépistage. Dans le même temps, la proportion de tests positifs est restée stable.

Le nombre de patients Covid-19 hospitalisés continue de diminuer dans la région. Longtemps stabilisé autour des 4000 hospitalisations en simultané en décembre et janvier, il pourrait bientôt atteindre les 3000 hospitalisations depuis une baisse plus marquée au cours du mois de février.

On observe d’ailleurs une baisse assez significative du nombre de personnes âgées hospitalisées. Une baisse légère des 70-79 ans et bien plus forte au-delà de 80 ans. Une tendance en cours depuis le mois de janvier mais qui là aussi semble s’accélérer ces dernières semaines. Peut-être sont-ce là les premiers signes de la campagne de vaccination qui cible en priorité ces tranches d’âge.

Rhône, Drôme et Isère, les départements où l’épidémie circule le plus ces derniers jours

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomez ou recherchez la commune par son nom) :

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient.

Limites :

Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions. Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient :

Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
Exclusion des résultats ininterprétables
A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »