Covid-19 : forte progression des variants à Lyon et dans sa région

Covid-19 : moins d’hospitalisations mais plus de réanimation

Le nombre de personnes hospitalisées pour des cas de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes continue sa lente diminution. Au 22 février, sur une semaine glissante, elles étaient en moyenne 3 483. Elles étaient environ 200 de plus une semaine plus tôt.

Le niveau des hospitalisations en simultané reste malgré tout élevé. Au 22 février, elles se situaient à un niveau toujours plus élevé que lors du pic de la première vague du printemps dernier. Le volume est toutefois deux fois moins important que lors du pic de la deuxième vague. Cette évolution en « plateau descendant » se poursuit doc.

Dans les services de réanimation, l’évolution depuis la mi-janvier est légèrement différente. Elle semble se situer davantage sur un « plateau ascendant ». Après une légère baisse au début du mois de février, le nombre de patients Covid-19 dans les services de la réanimation repart à la hausse depuis une quinzaine de jours.

Le niveau de tension sur ces services reste donc toujours proche des 75%. Un niveau encore élevé.

Auvergne-Rhône-Alpes, une dynamique épidémique plutôt stable

La décroissance de l’épidémie dans la région semble se poursuivre. Son niveau de circulation reste toutefois élevé. Au 19 février, le taux d’incidence régional s’élevait à 182 cas pour 100 000 habitants. Un niveau près de quatre fois supérieur au seuil d’alerte.

On note toutefois un certain ralentissement ces derniers jours. C’est le cas notamment dans les grandes métropoles de la région.

Pour l’heure, les indicateurs ne montrent pas de signe d’aggravation globale de la dynamique de l’épidémie. Depuis la semaine dernière, le taux d’incidence est resté stable, montrant une très légère baisse. Dans le même temps, le dépistage a lui aussi continué à baisser.

Augmentation du taux d’incidence chez les plus jeunes pendant les vacances

On note toutefois une augmentation du taux d’incidence chez les plus jeunes (0-9 ans) depuis une dizaine de jours. Alors même que le dépistage, pour cette tranche d’âge également, a continué de diminuer.

Le taux d’incidence est reparti à la hausse à partir du 13 février soit une semaine après le début des vacances scolaires d’hiver. La hausse se poursuivait au 19 février (+6%).

Cette légère hausse à partir du milieu des vacances scolaires est-elle le signe d’une circulation plus importante chez les plus jeunes juste avant les vacances ? Si tel était le cas, les vacances sont arrivées à temps. Les prochains jours nous montreront comment l’épidémie a évolué notamment dans cette frange de la population.

Des variants qui progressent vite en Auvergne-Rhône-Alpes

Autre probable conséquence de la baisse continue du dépistage, le taux de positivité (pourcentage de positifs dans le dépistage global) augmente. Notamment chez les 0-9 ans. Avec la période des vacances scolaires, on peut penser que moins d’enfants ont été testés. Entre le 11 et le 19 février, calculé sur des semaines glissantes, le taux de positivité a presque doublé dans cette tranche d’âge. Dans le même temps, il a progressé de 15% en moyenne dans l’ensemble de la population.

Ces petits signes sont-ils les conséquences de la progression des variants du virus Sars-Cov-2 ? Qui feraient de la période, une situation flottante, d’entre deux, marquée par la baisse des cas de la souche initiale et l’augmentation des cas de variants potentiellement plus contagieux.

Au 27 janvier, Santé Publique France indiquait que les variants représentaient 14% des cas détectés en Auvergne-Rhône-Alpes. Ils étaient déjà en augmentation par rapport à début janvier.

Au 19 février, l’organisme de veille sanitaire notait que cette proportion avait plus que doublé dans la région : 29,2% des cas confirmés concernaient le « variant anglais » (contre 37% en moyenne en France), 2,7% le « variant sud-africain » et 5% le « variant brésilien ».

Rhône, Drôme et Ardèche, les départements où l’épidémie circule le plus ces derniers jours

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomez ou recherchez la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient.

Limites :

Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions. Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient :

Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
Exclusion des résultats ininterprétables
A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »