Covid-19 : Lyon et sa région sur le fil du rasoir

Côté positif, on note un taux d’incidence de l’épidémie au 2 février en léger recul sur une semaine dans la région. Et ce malgré l’augmentation du dépistage. Toutefois, la pression sur les hôpitaux d’Auvergne-Rhône-Alpes ne retombe pas. Des clusters de variants du virus Sars-CoV-2 établis dans la région représentent toujours de potentielles menaces.

Covid-19 : toujours un niveau proche de 4000 hospitalisations en simultané

Au 9 février, sur une semaine glissante, 3700 patients étaient hospitalisés pour des cas de Covid-19 dans les hôpitaux de la région. Ils étaient 3800 le 2 février sur une semaine. Depuis plusieurs semaines déjà, le niveau d’hospitalisation de patients Covid-19 évolue autour de 4000 en Auvergne-Rhône-Alpes. Le nombre d’hospitalisations en simultané continue donc de diminuer très doucement. Mais demeure sur un « plateau » toujours haut.

Le nombre de patients hospitalisés de la tranche 70-79 ans est toutefois en hausse. Au 9 février, sur une semaine glissante, ils étaient 987 dans les hôpitaux de la région, selon les chiffres de Santé Publique France. Un niveau moyen en augmentation depuis une semaine. Dans les autres tranches d’âge les plus à risque, le nombre d’hospitalisations diminue lui aussi selon l’évolution générale.

Léger repli de la tension sur les services de réanimation

Autre point positif : le nombre de personnes en réanimation pour des cas de Covid-19 recule depuis quelques jours. La pression sur le services de réanimation s’était accentué durant la seconde quinzaine de janvier (+20% en quinze jours). Cette pression a très légèrement reflué depuis une semaine environ.

Les Hospices Civils de Lyon (HCL), selon le dernier point au 9 février, voient la moitié de leurs lits de réanimation occupés par des patients Covid-19. Ils déploient toujours 30% de lits supplémentaires par rapport à leur capacité initiale.

Auvergne-Rhône-Alpes, un nombre de cas qui semble en léger recul

Durant tout le mois de janvier, le taux d’incidence et de positivité ont lentement augmenté au fil des semaines.

On sait ces indicateurs de l’évolution de la dynamique de l’épidémie sensibles au niveau de dépistage. Ce dernier, est resté relativement stable durant le mois de janvier 2021, compris entre 195 000 et 210 000 tests par semaine. Au 2 février, sur une semaine, ce sont environ 235 000 tests (PCR et antigéniques) qui ont été réalisés en Auvergne-Rhône-Alpes. Une hausse de 8% sur une semaine après une augmentation de 4% au 26 janvier déjà constatée sur une semaine.

Taux d’incidence et de positivité ont globalement suivi la même tendance. Toutefois, après un certain tassement constaté sur une semaine au 26 janvier, on note un léger repli des deux indicateurs (-5% du nombre de cas pour 100 000 habitants et -1 point pour le taux de positivité) au 2 février malgré une hausse du dépistage plus importante que les semaines précédentes.

Trop mince pour parler d’un recul de l’épidémie mais ces évolutions concomitantes semblent plutôt montrer sa stagnation. Une évolution qui se vérifie dans les métropoles de la région.

Une hausse du dépistage stable depuis en Auvergne-Rhône-Alpes

Relativement stable depuis quelques semaines, autour des 200 000 tests hebdomadaires, le dépistage a connu une augmentation plus significative durant la semaine du 19 au 26 janvier (+5%). Qui s’est confirmée durant celle du 27 au 2 février en étant plus marquée encore (+8%).

Drôme et Ardèche, départements où l’épidémie circule le plus ces derniers jours

Une forte poussée a été constatée dans la Drôme et se poursuit. La situation semble en voie d’amélioration en Haute-Loire.

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomez ou recherchez la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient.

Limites :

Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions. Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient :

Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
Exclusion des résultats ininterprétables
A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »