Covid-19 : la Savoie, département bientôt classé « en rouge » ?

[DATA] En Savoie, plutôt épargnée jusque-là, l’évolution de l’épidémie de Covid-19 s’est dégradée. Si le département n’est pas encore en rouge, son taux d’incidence dépasse le seuil d’alerte. Dans les hôpitaux, le nombre d’hospitalisations et de réanimations augmente également.

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Bertrand Enjalbal Oliveira

Publié le 25 septembre 2020 ·

6 minutes

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 23 septembre)

Les indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Savoie

La Savoie fait partie des départements les plus épargnés par l’épidémie. Elle présente un ratio de 173 décès pour un million d’habitants, deux fois inférieur à ceux du Rhône ou de l’Ardèche. Toutefois, au 15 septembre, son taux d’incidence hebdomadaire a fini par dépasser le seul d’alerte. Ne confirmant pas la baisse observée entre le 1er et le 8 septembre, bien au contraire.

Du côté des hospitalisations et admissions en réanimation, la hausse perceptible depuis fin août s’est confirmée. Le nombre d’hospitalisations simultanées est reparti à la hausse, après une légère baisse, entre le 16 et le 23 septembre. Tout comme les réanimations. Ces dernières atteignent un niveau que la Savoie n’avait plus connu depuis début mai 2020.

En Savoie, le virus semble davantage circuler parmi les tranches d’âges les plus jeunes. Il est en progression modérée ou circulation peu active chez les plus âgés, au-delà de 60 ans, excepté chez les septuagénaires. Mais l’évolution reste très fluctuente d’une semaine à l’autre. De façon générale, il ne dépasse jamais le seuil d’alerte dans ces tranches d’âge au-delà de 60 ans.

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations parfois importantes des indicateurs quotidiens. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux. Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques. Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait ceci explique pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Par exemple, pour ce point hebdomadaire arrêté au 23 septembre, les dernières données disponibles concernant le taux d’incidence départemental sont en date du 20 septembre. Nous ne pouvons ainsi pas boucler le relevé de la semaine du 16 au 23 septembre. Nos tableaux s’arrêtent donc pour ce point au 15 septembre.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
Exclusion des résultats ininterprétables
A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

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