Covid-19 : l’évolution des indicateurs de l’épidémie en Haute-Savoie

[DATA] Elle est le seul département de la région où le nombre de tests de dépistage était en repli début septembre. Si l’épidémie de Covid-19 en Haute-Savoie continuer de circuler, comme ailleurs, les indicateurs hospitaliers restent stables. Visualiser l’évolution en graphiques.

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Bertrand Enjalbal Oliveira

Publié le 17 septembre 2020 ·

5 minutes

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 15 septembre)

Le virus continue de circuler activement en Auvergne-Rhône-Alpes. Spécialement dans les départements les plus denses et peuplés comme le Rhône, la Loire et l’Isère. Le taux d’incidence (nouveaux cas de Covid-19 pour 100 000 habitants) est en progression constante depuis début juillet. Une hausse qui ne cesse de s’accélérer depuis mi-août.

Un nombre de tests de dépistage en recul début septembre

Le nombre de tests RT-PCR (naso-pharyngés) continue d’augmenter dans la région. Mais la hausse semble se tasser quelque peu par rapport à la fin du mois d’août. Elle se vérifie dans tous les départements d’Auvergne-Rhône-Alpes à l’exception de la Haute-Savoie.

Là, le nombre de tests réalisés a baissé entre le 1er et le 8 septembre. Il s’était déjà tassé à la mi-aôut avant de repartir à la hausse début septembre. Entre le 1er et le 8 août, le nombre de tests de dépistage de Sars-Cov-2 (nom du coronavirus responsable de la maladie Covid-19) est en recul assez net (environ 1 500 tests hebdomadaires en moins).

Les 10-19 et 20-29 ans, les plus touchés par la Covid-19 en Haute-Savoie

La Haute-Savoie est un des départements présentant le moins de signes de reprise de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes.

Si son taux d’incidence a bien augmenté durant l’été, il est en léger retrait depuis la fin août et les premiers jours de septembre. Il est reparti à la hausse en ce début septembre, malgré un nombre de tests effectués en baisse. Preuve que le virus circule bien malgré une situation moins problématique qu’ailleurs. La Haute-Savoie se rapprochant malgré tout du seuil d’alerte pouvant la placer « en rouge ». Les 10-19 ans et les 20-29 ans sont les tranches d’âges présentant le plus de cas parmi la population, dépassant le seuil d’alerte de 50 cas.

La situation à l’hôpital n’a pas connu d’évolution notable depuis le 8 septembre.

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
Exclusion des résultats ininterprétables
A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.