Covid-19 : l’heure des variants dans le Rhône ?

La situation à Lyon et dans le Rhône semble ambivalente. Commençons par une certitude : l’épidémie de Covid-19 continue de circuler activement dans le département. Au 5 mars 2021, le taux d’incidence indiquait 231 cas positifs pour 100 000 habitants dans le Rhône (soit près de 5 fois plus que le seuil d’alerte). Le département comme la métropole de Lyon se situent toutefois en-deça de la moyenne nationale.

L’épidémie progresse-t-elle ces derniers jours ? Pas forcément. Malgré un dépistage toujours en progression, le taux d’incidence est resté stable depuis une semaine. Le taux de positivé, lui, est en léger recul.

Dans le Rhône, le variant anglais représente au moins 65% des cas

Et pourtant les variants du virus, notamment celui dit anglais, sont là. Le variant anglais est désormais largement majoritaire dans le Rhône comme dans la région Auvergne-Rhône-Alpes. Décrit comme plus contagieux que la souche originelle, voire plus létal, il continue de progresser depuis le début de l’année.

Depuis lundi 8 mars, nous disposons des données quotidiennes sur les variants.

Que montrent ces données ? Comme l’indiquait Santé Publique France, depuis le début de l’année les variants, et surtout la souche anglaise, sont progressivement devenus majoritaires dans les départements de la région.

Au 7 mars, le variant anglais est ainsi majoritaire dans les échantillons étudiés dans 11 des 12 départements d’Auvergne-Rhône-Alpes. Seule la Haute-Loire comptait à ce jour plus de cas issus de la souche majoritaire jusqu’ici (l’écart tendant à se réduire toutefois).

Dans le Rhône, le variant anglais représentait au 7 mars sur une semaine au moins 65% des tests PCR positifs testés. La souche « traditionnelle » représentant moins de 20% des cas positifs.

La variant anglais à l’origine de la hausse des hospitalisations dans le Rhône ?

Selon les chiffres de Santé Publique France, le variant anglais aurait pris le dessus sur la souche classique dans le Rhône à partir de mi-février (les données démarrant au 18 février 2021). Ce variant, décrit comme plus contagieux, a-t-il eu des conséquences ?

Une semaine après, à partir du 25 février, les hospitalisations ont commencé à repartir à la hausse dans le département. Les admissions en réanimation pour des cas de Covid-19 augmentant elles depuis globalement depuis mi-janvier.

On serait alors tenté d’y voir une corrélation. Et une explication à la situation de plateau, en place depuis plusieurs semaines. A mesure que le variant anglais prenait le dessus, la souche classique était en perte de vitesse. L’augmentation des cas générés par le premier étant globalement compensée par la diminution de ceux imputés à la seconde. Les courbes se croisaient.

Une corrélation qui pourrait expliquer pourquoi dans le Rhône, alors que l’épidémie ne connaissait pas de rebond brutal, la tension hospitalière continuait malgré tout de rester élevée pour se dégrader encore ces derniers jours.

Une aggravation de l’épidémie à venir dans le Rhône ?

Est-ce à dire alors que le pire est à venir à Lyon et dans le Rhône ? D’autres départements de la région montrent que ce n’est pas forcément une évidence.

Dans le Cantal, par exemple, le variant anglais est quasi hégémonique, représentant au 7 mars 80% des cas positifs testés. Les hospitalisations continuent toutefois de diminuer. Les réanimations y sont faibles même si elles sont en augmentation depuis la fin février. Même évolution ou presque en Savoie et Haute-Savoie, deux autres départements où le variant anglais représente entre 65% et 70% des cas.

Est-ce là les premiers effets de la vaccination ? Le Cantal est un des départements de la région où la couverture vaccinale était la plus forte fin février, notamment pour les personnes les plus âgées. Même si elle reste encore faible, elle était à cette date deux fois supérieure à celle du Rhône par exemple.

Évolution stable en Auvergne-Rhône-Alpes

À l’échelle d’Auvergne-Rhône-Alpes, la situation de l’épidémie semble rester stable. Toujours dans cette tendance ambivalente : taux d’incidence stable, taux de positivé en baisse (avec un dépistage en hausse) et baisse des hospitalisations qui laisseraient penser que l’épidémie décline.

Dans le même temps, les admissions en réanimation ne faiblissent pas ni la pression sur ces services hospitaliers et le taux de reproduction du virus (R0) est repassé au-dessus de 1.

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Rhône, Drôme et Isère, les départements où l’épidémie circule le plus ces derniers jours

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomez ou recherchez la commune par son nom) :