Covid-19 : en Auvergne-Rhône-Alpes pas de recul net de l’épidémie

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 17 décembre. Voir le détail département par département).

Lors de notre précédent point hebdomadaire, certains indicateurs semblaient montrer un début de stagnation. Ou à défaut un net ralentissement de la décrue de l’épidémie. L’évolution depuis le 8 décembre confirme cette tendance. À défaut de s’être aggravée, l’épidémie reste très active dans la région. Et ce même si Auvergne-Rhône-Alpes n’est plus actuellement la région où elle circule le plus.

Toutefois, la lecture des indicateurs n’est pas forcément négative.

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Taux d’incidence en hausse dans toute la région Auvergne-Rhône-Alpes

Le taux d’incidence, indicateur qui participe à l’évaluation de la dynamique de l’épidémie, repart à la hausse. Entre le 1er et le 8 décembre, il a légèrement augmenté (+11% sur une semaine), passant de 144 à 160 cas pour 100 000 habitants.

Il est reparti à la hausse dans tous les départements de la région sur la période. Y compris dans les trois grandes métropoles de la région (Lyon, Grenoble, Saint-Étienne) où il reste supérieur au taux d’incidence moyen constaté en France. Dans la Métropole de Lyon, il est en hausse depuis la fin du mois de novembre.

Quand on regarde dans le détail des catégories de la population régionale on constate un regain de nouveaux cas dans les catégories les plus jeunes. Dans le même temps, il reste stable ou diminue dans celles les plus âgées (60 ans et plus).

Covid-19 : un regain de nouveaux cas en trompe-l’œil en Auvergne-Rhône-Alpes ?

Ce constat pourrait toutefois être lu de façon positive. En effet, la baisse ou la stabilisation du nombre de nouveaux cas dans les tranches d’âges les plus à risques constitue un évident argument en ce sens.

D’autre part, l’évolution du taux d’incidence au regard de celle du dépistage apporte également un motif d’espoir. Entre le 1^er le 8 décembre, les catégories les plus âgées ont été plus testées que les autres sur une semaine. Le dépistage a été multiplié par trois chez les plus de 90 ans et a plus que doublé chez les plus de 80 ans. Dans toutes les autres catégories de la population (à l’exception des 0-9 ans) il a en moyenne était multiplié par deux.

Malgré un dépistage plus important, le taux d’incidence des plus âgés n’a donc pas suivi cette hausse.

 

 

 

 

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Covid-19 : le taux de positivité diminue malgré la hausse statistique du dépistage en Auvergne-Rhône-Alpes

Cette hausse statistique du dépistage appelle une précision. Depuis le 8 décembre, Santé Publique France a introduit dans les chiffres de la base Sidep (relative aux tests de dépistage Covid-19) ceux dit antigéniques (test nasophryngés réalisés en pharmacie ou chez les médecins) en plus des tests PCR (réalisés à l’hôpital ou en laboratoire), seuls comptabilisés jusqu’ici. Avec une effet mécanique de hausse du volume de dépistage.

Autre point positif : l’évolution du taux de positivité (proportion de tests positifs). Alors que le dépistage a mécaniquement augmenté (au moins statistiquement), le taux de positivité a continué, lui, de diminuer. Notamment chez les plus âgés. L’évolution inchangée de cet indicateur pourrait ainsi montrer que l’épidémie continue sa lente décrue. L’augmentation du nombre de nouveaux cas pouvant alors s’expliquer en partie par une hausse « artificielle » et statistique du dépistage.

Pour l’heure en tout cas, le regain du taux d’incidence ne s’accompagne pas d’une même évolution du taux de positivité. En clair : plus de tests donc plus de cas détectés mais en proportion plus faible. Le taux de positivité dans la région reste toutefois encore relativement élevé (9%).

 

 

Covid-19 : toujours une lente décrue dans les hôpitaux d’Auvergne-Rhône-Alpes

La très lente baisse du nombre de personnes hospitalisées (en simultané) se confirme toujours dans la région. Au 16 décembre, il y avait environ 400 patients Covid-19 hospitalisés de moins en Auvergne-Rhône-Alpes qu’une semaine auparavant. Une baisse globale réelle mais qui cache des disparités et certaines hausses dans certains départements. C’est le cas notamment dans l’Allier, le Cantal ces derniers jours, en Isère et dans le Puy-de-Dôme.

 

 

L’Isère, département où l’épidémie était la plus active ces derniers jours

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Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomer ou rechercher la commune par son nom) :

À l’hôpital de la Croix-Rousse, « la réanimation se remplit et on attend la crise »

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

• Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
• Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

• Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

• Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
• Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

• Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
• Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
  Exclusion des résultats ininterprétables
• A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

• Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
• Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »